SÉBASTIEN LEMIEUX, Ph.D.
DISTINCTIONS
- Bourses postdoctorales de R&D industrielle, Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada, 2002-2004
- Bourse de recherche au doctorat, Instituts de recherche en santé du Canada,
1999-2002
FORMATION
- Stage postdoctoral en bio-informatique avec Bo Jiang, Elitra Canada Ltée (aujourd’hui Merck & Co.), 2002-2004
- Ph.D. en informatique avec François Major, Université de Montréal, 2002
- M.Sc. en informatique avec François Major, Université de Montréal, 1999
- B.Sc. en microbiologie, Université de Montréal, 1997
APPUI À LA RECHERCHE
- Conseil des recherches en sciences naturelles et en génie du Canada
Sébastien Lemieux est chercheur invité à l’Institut de recherche en immunologie et en cancérologie (IRIC) où il dirige l’unité de recherche en bio-informatique fonctionnelle et structurale depuis l’automne 2005.
Lorsqu’il effectue son doctorat en informatique, Sébastien Lemieux étudie les méthodes de modélisation 3D de molécules d'ARN. Il développe une nouvelle représentation de ces structures basée sur la théorie des graphes qui permet une analyse plus complète des structures déjà connues ainsi que la mise au point d'une méthode de modélisation beaucoup plus performante. Parallèlement à ces travaux, il contribue au développement d'outils automatisés permettant l'identification et la classification d'interactions moléculaires dans les structures d'ARN.
Par la suite, lors de son stage postdoctoral chez Elitra (aujourd’hui Merck & Co.), Sébastien Lemieux explore des aspects plus conventionnels de la bio-informatique, tels l’analyse de séquences, l'analyse de données de puce à ADN et l'intégration informatique des données expérimentales. Durant cette période, il met au point un système permettant la prédiction de gènes chez le pathogène fongique Aspergillus fumigatus. Grâce à ce système, les chercheurs d’Elitra sont les premiers à identifier un grand nombre de gènes essentiels chez ce pathogène important.
À l’IRIC, le Dr Lemieux s’intéresse à l’extraction d’information cachée derrière des données provenant de projets de recherche menés par des scientifiques de différentes disciplines. L'un de ses projets vise à mettre au point une approche statistique permettant une analyse optimale de données de puces à ADN dans un contexte où le nombre de réplicats est restreint. Enfin, son expertise en bio-informatique lui permet d’appuyer les chercheurs de l’IRIC dans le cadre de leurs travaux.
articles choisis
Lemieux S et Major F (2006) Automated extraction and classification of RNA tertiary structure cyclic motifs. Nucleic Acids Res 34:2340-2346
Lemieux S (2006) Probe-level linear model fitting and mixture modeling results in high accuracy detection of differential gene expression. BMC Bioinformatics 7:391
Roemer T, Jiang B, Davison J, Ketela T, Veillette K, Breton A, Tandia F, Linteau A, Sillaots S, Marta C, Martel N, Veronneau S, Lemieux S, Kauffman S, Becker J, Storms R, Boone C, Bussey H (2003) Large-scale essential gene identification in Candida albicans and applications to antifungal drug discovery. Mol Microbiol 50:167-181
Lemieux S et Major F (2002) RNA canonical and non-canonical base pairing types: a recognition method and complete repertoire. Nucleic Acids Res 30:4250-4263
Gendron P, Lemieux S, Major F (2001) Quantitative analysis of nucleic acid three-dimensional structures. J Mol Biol 308:919-936
Zhang F, Lemieux S, Wu X, St-Arnaud D, McMurray CT, Major F, Anderson D (1998) Function of hexameric RNA in packaging of bacteriophage phi 29 DNA in vitro. Mol Cell 2:141-147
Lemieux S, Oldziej S, Major F (1998) Nucleic Acids: Qualitative Modeling, in The Encyclopedia of Computational Chemistry, Schleyer, P. v. R. Allinger, N. L., Clark, T. Gasteiger, J., Kollman, P. A., Schaefer III, H. F. Schreiner, P. R. (Eds.); John Wiley & Sons: Chichester
Lemieux S, Chartrand P, Cedergren R, Major F (1998) Modeling active RNA structures using the intersection of conformational space: application to the lead-activated ribozyme. Rna 4:739-749
Major F, Lemieux S, Ftouhi M (1998) Computer RNA Three-Dimensional Modeling from Low-Resolution Data and Multiple-Sequence Information in Molecular Modeling of Nucleic Acids, N.B. Leontis et J. Santa Lucia eds., American Chemical Society Books, Washington, D.C., 394-404
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