Philippe Roux et son équipe cherchent à comprendre les mécanismes moléculaires par lesquels les oncogènes transforment une cellule normale en cellule cancéreuse. Ces connaissances s’avèrent cruciales pour le développement de nouvelles cibles thérapeutiques et pour décrypter les causes moléculaires de la résistance au traitement.

Thématique de recherche

Les mécanismes de signalisation cellulaire permettent aux cellules d’intégrer des signaux environnementaux et de générer des réponses adaptées. Leur dérégulation, notamment par des mutations dans des protéines de signalisation, contribue à de nombreuses pathologies. Les cancers en offrent l’exemple le plus marquant, résultant souvent de l’activation de proto-oncogènes (KRAS, BRAF, PIK3CA) ou de l’inactivation de gènes suppresseurs de tumeurs (PTEN, APC, TP53). L’objectif principal du laboratoire Roux est de décoder ces réseaux de signalisation dans les cellules cancéreuses pour favoriser le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.

Objectifs de recherche

1. Décodage fonctionnel de la voie RAS/MAPK dans le mélanome

La voie RAS/MAPK, hyperactivée dans plus de 85 % des mélanomes, constitue un moteur majeur de la transformation, de la plasticité cellulaire et de la résistance thérapeutique. Le laboratoire Roux exploite une plateforme intégrée réunissant phosphoprotéomique avancée, approches de proximité BioID/TurboID et analyses computationnelles des réseaux de signalisation pour 1) cartographier les effecteurs proximaux et distaux de la voie, 2) découvrir des relais moléculaires encore inexplorés, et 3) définir comment ces nœuds de signalisation orchestrent la prolifération, l’invasion, la plasticité et l’émergence de résistance aux thérapies.

Ces travaux ont conduit à l’identification de nouveaux effecteurs de la voie RAS/MAPK, dont la caractérisation fonctionnelle progresse rapidement, ouvrant la voie à leur évaluation comme cibles thérapeutiques de nouvelle génération.

2. Détection de vulnérabilités oncogéniques grâce à la protéogénomique et au criblage CRISPR

À partir d’une collection de modèles cellulaires isogéniques exprimant des oncogènes humains majeurs (KRAS, PIK3CA, MYC, HER2), le laboratoire Roux mobilise une approche intégrée combinant transcriptomique, protéomique quantitative, phosphoprotéomique, et criblage CRISPR/Cas9 à haut débit pour 1) identifier des dépendances génétiques et métaboliques propres à chaque oncogène, 2) caractériser les réseaux adaptatifs et mécanismes compensatoires permettant aux cellules tumorales d’échapper à l’inhibition pharmacologique, et 3) révéler des combinaisons thérapeutiques rationnelles capables d’empêcher, contourner ou renverser la résistance.

Ces analyses multi-omiques systématiques mettent en lumière des vulnérabilités jusque-là insoupçonnées, offrant un cadre puissant pour la priorisation de cibles et la conception de stratégies thérapeutiques innovantes pour les cancers agressifs.

3. Découverte de nouvelles cibles immunothérapeutiques dans les leucémies adultes et pédiatriques

Le laboratoire Roux a adapté et optimisé des approches de chimioprotéomique de la surface cellulaire afin d’interroger directement des échantillons primaires de leucémie myéloïde aiguë (LMA). En combinant marquage chimique sélectif, purification par affinité, et spectrométrie de masse haute résolution, l’équipe 1) dresse un inventaire complet et quantitatif des antigènes de surface exprimés par les cellules leucémiques, 2) identifie des marqueurs tumoraux rares, enrichis dans des sous-groupes moléculaires ou associés à l’évolution de la maladie, et 3) distingue les cibles présentant un rapport tumeur-normal particulièrement favorable pour un développement thérapeutique.